防止由病菌侵染引起的爛根病，首先要選擇脫毒苗木或野生砧木繁育苗，不可用蘋果籽做砧木繁育的苗木，這點十分重要。第二要挖大坑，施足有機肥。有機肥必須充分腐熟，還要與坑土拌勻，保證苗木栽植后生長健壯，增強根系抗病菌侵染能力。第三對前茬為果樹或林木的地塊，由于土壤中爛根病菌較多，應在拾盡腐根的基礎上，對坑土進行藥劑滅菌處理，可選用適宜灌坑的藥劑，如選用500倍液硫酸銅、75%五氯硝基苯800倍液、50%代森銨400倍液、40%福美砷500倍、70%甲基托布津可濕性粉劑1500倍液、2%農抗120水劑200倍液等
　苗木栽植前，首先要考慮所選地塊不易水淹，因為低洼易水淹地常致根系呼吸困難，而且這樣的地塊凍害和鹽堿較重，這些都會引起生理爛根。此外，質地黏重土壤和沙灘上也不宜建園。